Het derde seizoen van de Amerikaanse sciencefiction-televisieserie "Top Secret", met 24 afleveringen, begon op 22 september 1995 en duurde tot 17 mei 1996. De uitzending werd verzorgd door Fox. De serie ging verder met het verhaal van speciale agenten van het Federal Bureau of Investigation (FBI - Fox Mulder (David Duchovny) en Dani Scully (Gillian Anderson). De hoofdpersonen onderzoeken gevallen van paranormale en mysterieuze fenomenen, bekend als gevallen met de stempel "X".
Het seizoen eindigde met een reeks scriptregels die al in het tweede seizoen begonnen en verschillende nieuwe verhaallijnelementen introduceerde. Het hoofdverhaal draait om een samenzwering die een buitenaardse autopsievideo probeert te verbergen die door Mulder is verworven, op zoek naar Scully's moordenaar van zijn zus en het mysterie dat meneer X (Stephen Williams) omringt. Voor de plot van seizoen 3, voor het eerst, speelden personages als de First Elder (Don Sec. Williams) en de zwarte buitenaardse virushit. Daarnaast presenteert dit seizoen een breed scala aan "monsters van de week": de afleveringen bevatten onafhankelijke verhalen en hebben geen invloed op de algemene mythologie van de serie.
Het seizoen overtrof de beoordelingen van de vorige twee. De première aflevering "Blessed Path" debuteerde met een Nielsen-rating van 19, 94 miljoen kijkers, wat de première van het voorgaande seizoen verdubbelde. In de loop van de shows overschreden de kijkcijfers consequent de 15 miljoen kijkers, waarmee hij in het seizoen 1995-1996 een van de populairste televisieseries op de Amerikaanse televisie was. Het seizoen kreeg overwegend positieve recensies van tv-critici en won vijf Emmy-prijzen. Veel afleveringen van scenarioschrijver Darin Morgan, in het bijzonder "The Last Rest of Clyde Brackman" en "" From Outer Space "Joe Chang", hebben lovende kritieken ontvangen als een van de beste in de serie. Morgan verliet de serie na het voltooien van seizoen 3 vanwege zijn onvermogen om het dynamische karakter van de show bij te houden. Hij kwam pas terug in het tiende en elfde seizoen.
Plot
FBI-agent Fox Mulder wordt halfdood gevonden in de woestijn nadat de roker het leger had opgedragen de auto te verbranden met bewijs van wetenschappelijke experimenten, niet wetende dat Mulder binnen is. Een Navajo-indiaan, Albert Gostin, brengt Fox Mulder weer tot leven. Ondertussen onderzoekt Scully de mogelijke betrokkenheid van een pokken-uitroeiingsprogramma vóór genetische experimenten op mensen. Ze ontdekte dat een nazi-wetenschapper die na de Tweede Wereldoorlog naar de Verenigde Staten vluchtte, experimenteerde met Paperclip die experimenteerde met het doel een hybride van mensen en een buitenaards wezen te creëren. Als gevolg hiervan wordt Scully vermoord en per ongeluk haar zus Melissa vermoord, die zelf met Deina werd verward.
Mulder onderzoekt het bewijs van een buitenaardse autopsie en gaat op het spoor van geclassificeerd openbaar spoorwegvervoer van een mens-buitenaardse hybride. Fox slaagt erin in een van deze auto's te stappen, waar hij bijna sterft door toedoen van de Syndicate-bewakers. De informant Mr. X zal hem echter redden. Scully gaat ondertussen naar een groep vrouwen die ook op dezelfde manier zijn ontvoerd en ontmoet een ander lid van het Syndicaat, bekend als de Eerste Ouderling, die beweert dat ze tijdens haar ontvoering in een soortgelijk rijtuig is geplaatst en het slachtoffer is geworden van experimenten door Japanse wetenschappers.
De bemanning van een Frans reddingsschip, dat een onderzeeër uit de Tweede Wereldoorlog probeert op te halen van de zeebodem, wordt het slachtoffer van straling. De enige uitzondering is een duiker die besmet is geraakt met een parasiet die in een onderzeeër is ontdekt. Dit buitenaardse virus, dat de lichamen van de slachtoffers bestuurt, heeft uiteindelijk het lichaam van Alex Krycek gevangengenomen, dat Fox Mulder op zoek ging en onder zijn arrestatie nam. Als gevolg hiervan werd de geïnfecteerde Krycek in een raketmijn geplaatst, die werd gebruikt om de UFO te verbergen en verliet de parasiet zijn lichaam. Ondertussen weet Scully Louis Cardinal op te sporen, de man die verantwoordelijk is voor de moord op haar zus.
