De derde film, Men in Black, is een vervolg op de beroemde Amerikaanse komedie. Cast zijn dezelfde Tommy Lee Jones en Will Smith. Het werk van de regisseur werd opnieuw overgenomen door Barry Sonnenfeld, uitvoerend producent van Steven Spielberg. In bioscopen begon de film op 23 mei 2012.
Deze keer wordt de rol van de negatieve held ingenomen door Jamain Clement, hij speelt Boris. Dit is een misdadiger die uit de Lunar Prison is ontsnapt. Hij brandt van haat tegen agent Kay, die in juli 1969 de crimineel betrapte en hem zonder hand achterliet. Wanneer Kay plotseling ontdekt dat Boris aan het rennen was, betreurt hij het dat hij hem tijdens de arrestatie niet heeft vermoord. Daarna verdwijnt de agent gewoon en dat herinnert alleen Jane zich dat hij bestond. De rest van het personeel in het zwart denkt dat Kay stierf in een botsing met een crimineel in 1969.
De enige verklaring voor deze omwenteling in de realiteit is een verandering in het verleden. Jay en agent O besluiten dat het Boris was die erbij betrokken was. Bevestiging hiervan is een andere gebeurtenis van kosmische omvang - de invasie van het ras Boris op aarde. In de vorige realiteit was dit onmogelijk, aangezien Kay een beschermend apparaat op de planeet had geïnstalleerd genaamd "ArcNet". Nu, in verband met de dood van de agent een paar decennia geleden, had de aarde geen enkele afscherming van ruimtevijanden.
Jay ontdekt dat Boris naar het verleden is gestuurd door Jeffrey Price, een elektronicahandelaar die een illegale tijdverschuiver in zijn arsenaal had. De agent heeft geen andere keuze dan terug te gaan in de tijd om zijn partner te redden. En hij wordt onmiddellijk gearresteerd door de jonge Kay. Tijdens het verhoor vertelt Jay hem alles, en de toekomstige partner gelooft. Samen vinden ze de Arcanian Griffin, die ArkNet heeft. Nu zetten ze alle drie hun reis voort en vertrokken om bescherming op de maan te vestigen. Maar op een raket worden ze gearresteerd door de kolonel. Nu wordt hij de bewaarder van het mysterie van Jay.
Vanaf dit moment vindt er een snelle ontwikkeling van evenementen plaats. Helden ontmoeten twee Boris en er ontstaat een gevecht. Een crimineel uit de toekomst wordt in een raketmijn gegooid en ook de jonge Boris gaat achter hem aan. Aardbeveiliging geïnstalleerd. En nu lijkt het erop dat Jay's missie is voltooid, maar er verschijnt een wonderbaarlijk overlevende jonge crimineel. De kolonel sterft, maar Boris slaagt erin vernietigd te worden. En in de film verschijnt een nieuw personage. Een jongen stapt uit de auto van de kolonel en gaat op zoek naar zijn vader. De agent herkent zichzelf. Jay komt te zijner tijd terug en ontmoet Kay in het café. Alles is teruggekomen.
